Mit 25 Jahren trat Walter Spix in die Kongregation der Arnsteiner Patres ein, wo er den Namen Alphons annahm und 1925 zum Priester geweiht wurde. 1928 übernahm er in Niederlahnstein das Amt des Superiors im Johanneskloster. Nach fünf Jahren rief man ihn 1933 in die gleiche Funktion nach Arnstein zurück. 1938 wurde er zum Vizeprovinzial der deutschen Ordensprovinz gewählt.

Als Klostervorsteher in Arnstein geriet er mit dem nationalsozialistischen Unrechtsstaat in Konflikt. Da er die gesetzlichen Bestimmungen nicht kannte, ließ er polnische Zwangsarbeiter an Gemeindegottesdiensten teilnehmen und gestattete, dass sie an der Klosterpforte Frühstück erhielten. Er wurde deshalb 1941 von der Gestapo verwarnt und nach erneutem, wohl unbeabsichtigtem Verstoß gegen diese Vorschriften am 19. November 1941 verhaftet. Anfang 1942 überstellte man ihn ins KZ
Dachau. Dort starb er am 9. August 1942, angeblich an einem Darmleiden.

Die römisch-katholische Kirche hat Alphons Spix im Jahr 1999 als Glaubenszeugen in das Deutsche Martyrologium des 20. Jahrhunderts aufgenommen.

Am 27. Januar 2023 wurde an seinem Grab auf dem Klosterfriedhof Arnstein zum ersten Mal aller Opfer des Holocaust gedacht.